De muziek van de Vliegende Hollander is gecomponeerd door René Merkelbach, die voor de Efteling al eerder de muziek van onder andere de Pardoes Promenade en verschillende cd's en cd-roms heeft gecomponeerd. Merkelbach heeft bij dit project samengewerkt met de bekende arrangeur Sebastiaan Koolhoven. De attractiemuziek, die volledig synchroon loopt met het verloop van de attractie en uit maar liefst zestien delen bestaat, is op 21 januari opgenomen in Praag en de uitvoering was in handen van het zestigkoppige Praags Symfonieorkest. De vocalen (een unicum in Eftelingmuziek) werden oorspronkelijk ingezongen door de zangeres Floor Jansen van de band After Forever. Wegens juridische kwesties zijn haar zangpartijen echter vervangen door die van zangeres Martine Grünwald. Tijdens de preview van de attractie heeft de Efteling voor de pers wat van de muziek beschikbaar gesteld:
Ooit was er sprake van dat de Vliegende Hollander misschien voorzien zou worden van een groot en gethematiseerd restaurant aan het water, maar hier is reeds in een vroeg stadium vanaf gezien. In plaats daarvan werd De Kombuys opgetrokken, een eenvoudig horecapuntje met balieverkoop dat in de plaats kwam van het inmiddels gesloopte De Kurketrekker. De Kombuys stelt een uit wrakhout opgebouwd strandhutje voor, en is voorzien van een overdreven hoeveelheid lampen, vlaggen en touwen die er voor zorgen dat het geheel nogal overgethematiseerd aandoet. Leuk is wél het bijbehorende terras van houten vlonders aan het water; volgend jaar biedt deze lokatie vast een fraai uitzicht op de watersplash van de attractie. Hoewel de uitvoering twijfelachtig is, heeft men met de Kombuys duidelijk de bedoeling gehad om meer eenheid in het Ruigrijk te bewerkstellingen. Veel horecapunten en attracties hebben hier ten slotte al een zeemansthema.